As coisas começaram a mudar depois do nascimento da Inquisição. O deslocamento da perspectiva entre as primeiras e brandas perseguições e as sucessivas, mais sistemáticas, é fundamental. Segundo essa nova visão, na verdade, o Demônio se torna um ser físico, que pode possuir e ter aliados na Terra, que tem um exército próprio e uma Igreja. A batalha entre o bem e o mal se concretiza transformando-se em uma guerra em sentido físico, além do metafísico.
Em 1258, Alexandre IV condenou as práticas mágicas. Em 1320, João XXII encarregou os inquisidores de Toulouse de intervir contra os bruxos. Em 1436, o juiz Claude Tholosan declarou que os magos e bruxas não tinham direito a indulgências da Igreja e considerou suspeitas até práticas populares aparentemente inócuas, como a colheita das plantas durante a festa de Santo Antônio. Em 1451, Nicolau V exortou os inquisidores a punir os adivinhos mesmo quando não houvesse uma condição evidente de heresia: a Inquisição podia, assim, atingir também a superstição popular. Por volta do final do século XV, o bispo de Paris determinou a excomunhão a qualquer um que lesse as mãos.
Durante todos os séculos XIV e XV, sucederam-se, com preocupante aumento, vários tratados sobre bruxaria e intervenções de juristas sobre o assunto. Será dito que, no instante em que aceitam ter relações com o Demônio, as bruxas se mancham com o crime de heresia. Ou melhor, elas chegam a constituir uma verdadeira seita que luta pela destruição da Igreja.
Aos hereges também são atribuídos malefícios e pactos diabólicos. Os Templários foram acusados de heresia, bruxaria e de adoração a um ídolo chamado Bafometo. Os valdenses de Arras, processados durante o século XV, confessaram, sob tortura, a filiação a uma seita de adoradores do diabo. Eles iam voando aos sabás, onde abjuravam a religião cristã e blasfemavam contra Deus, a Trindade e Nossa Senhora.
Os cátaros foram acusados de ter o nome derivado de Cato, demônio que adoravam.
O objetivo de tais comparações claro: se as bruxas eram por definição hereges, então hereges também eram os magos. Assim, bruxas e hereges constituíam um único grande inimigo comum do poder espiritual e do civil. Sem contar que o rótulo de "mago" contribuía para queimar a terra em volta dos pregadores heréticos e tornava mais fácil atiçar o ódio do povo contra eles.
A bula papal Summis desiderante affectibus, promulgada por Inocêncio VIII, em cinco de dezembro de 1484, marcou a data de início daquilo que se tornou um verdadeiro extermínio em massa de mulheres e homens acusados de bruxaria. Nesse documento, o papa, alarmado pelas noticias provenientes do norte da Alemanha, onde parecia que os cultos satânicos e a bruxaria tinham muitos adeptos, dava aos inquisidores plenos poderes para extirpar o fenômeno.
Dois anos depois, foi o poder leigo que interveio. O imperador Maximiliano da Áustria emanou uma ordem na qual convidava todos os bons católicos a ajudar os inquisidores em sua obra.