O papa Julio III (1550-1555), amante dos banquetes, das festas, da caça e das apresentações teatrais, ordenou cardeal um rapaz de 17 anos, que os escritos da época definiam pudicamente como "desviado". A coisa provocou protestos veementes de alguns altos prelados.

O gesto de Julio III certamente foi a gota d'água, principalmente por ter ocorrido durante o Concílio de Trento, que tornou ainda mais rígida a moral sexual da Igreja, mas é fato que, acerca da homossexualidade, havia, se não doutrinas, ao menos práticas diferentes.

É preciso rever a cronologia do pecado da sodomia. Os conceitos do que era "natural" ou "contra a natureza" sempre mudou de acordo com a época e o lugar. O que parecia "natural" em uma civilização era condenado por outra e vice-versa.

Segundo o mito grego exposto por Platão no Simpósio, em sua origem, a humanidade era formada por três tipos de seres completos: o primeiro era composto por dois homens fundidos em um só; o segundo, por duas mulheres; e o terceiro, por um casal de homem e mulher. Para castigá-los, os deuses dividiram esses seres superiores, dando vida a humanidade atual, formada por homens e mulheres que vagam por aí incompletos em uma eterna busca pela “cara-metade”. De acordo com essa visão da natureza humana, portanto, tanto as escolhas heterossexuais quanto as homossexuais são completamente legitimas e "naturais". A rigor, o único comportamento que vai "contra a natureza" é o celibato.

O cristianismo tirou seu desprezo pela homossexualidade do judaísmo. A cultura judaica (assim como a grega e a romana) também era resultado de uma sociedade patriarcal e guerreira, hostil às mulheres, consideradas inferiores, e a feminilidade.

O homossexual, que se comportava "como uma mulher", era digno de profundo desprezo e atentava contra a ordem do Universo desejada pelo próprio Deus ("Deus criou o homem a sua imagem [...] criou-os macho e fêmea.") Além disso, desperdiçar o sêmen para fins diferentes ao reprodutivo era considerado um grave pecado, como mostra o episódio de Onan.

São Paulo, que considerava superadas as rigorosas proibições alimentares judaicas, levou para o cristianismo os preceitos contra as mulheres e os "sodomitas". Quando, no final do século IV, o cristianismo se tornou a única religião de Estado do Império Romano, um dos primeiros efeitos da nova época foi uma lei de 390 que previa a morte na fogueira para quem praticasse o homossexualismo.

O imperador do Oriente, Justiniano, mandou executar publicamente dois bispos homossexuais. Mas a perseguição aos "sodomitas" só se acirrou quando a Igreja Católica, após o século XI, reafirmou com vigor o principio do celibato eclesiástico. Era uma tentativa de assexualizar as relações entre os homens de Deus em uma sociedade (a Igreja) totalmente masculina. Mas se a Igreja tivesse imposto o celibato sem punir a sodomia, os fiéis teriam entendido esse ato como a demonstração de que a instituição era composta de misóginos homossexuais. De todo modo, por séculos, diferentes orientações conviveram juntas dentro da Igreja.

Por outro lado, o penitencial de Gregório III (século VIII) impunha uma penitência de 160 dias para o lesbianismo, de um ano para a sodomia e de três anos para o padre que fosse a caça. No século XI, duas tendências opostas se confrontam sobre esse argumento. De um lado, São Pedro Damião criticou os clérigos que se entregavam as práticas homossexuais e lutou (inutilmente) para que fossem banidos da Igreja. O abade Aelred de Rievaux, por outro lado, tentou defender o amor entre os homens (ainda que, no final, tenha recomendado a castidade).

A moral sexual da Igreja tomou uma direção mais clara com o Concílio de Latrão de 1179, que determinou que os religiosos homossexuais fossem reduzidos ao estado leigo ou á reclusão no mosteiro, para os clérigos, e a excomunhão, para os leigos. De todo modo, nunca houve uma Cruzada contra os homossexuais nem uma perseguição sistemática por parte da Inquisição, como aconteceu com as heresias. A Igreja, na verdade, nunca reconheceu os homossexuais como um grupo, limitando-se a condenar os comportamentos, mas pedindo aos governos "leigos" que os punissem.

A partir do século XIII, vários países europeus adotaram legislações muito severas contra as práticas homossexuais. Por exemplo, na França, um código previa a fogueira para quem reincidisse no crime de sodomia, pena que atingia também as mulheres. E parece que o termo "finocchio", que em italiano significa funcho e é usado pejorativamente para designar homossexuais, deriva do costume de queimar plantas aromáticas nas fogueiras, para encobrir o fedor da carne. O confisco de bens em favor do soberano era uma das penas acessórias, o que, em algumas épocas, encorajava os monarcas a fazer de tudo para combater o homossexualismo.

Muitas vezes, o crime de sodomia era colocado no mesmo caldeirão que os de heresia e bruxaria. Por essa razão, não é simples quantificar o numero exato de vítimas.

Um estudo recente sobre processos por sodomia julgados em Bolonha no século XVI, revelou dados muito interessantes. De oito processos de sodomia contra 11 acusados, cinco eram eclesiásticos. Dos oito acusados leigos, três foram condenados a morte (por enforcamento ou decapitação), cinco foram banidos pelo resto da vida. Dos cinco eclesiásticos, apenas um foi confinado no convento por três anos. Para os outros quatro, o processo não seguiu em frente ou foi encerrado sem condenação. Não se podia admitir que no interior do clero, tão rígido na hora de regulamentar os costumes sexuais dos outros, houvesse "sodomitas". Além disso, se o poder sagrado do clero se baseava na castidade, colocá-Ia em questão ameaçava sua legitimidade.