Grande parte do território espanhol fora ocupado por muito tempo pelos emirados muçulmanos, e apenas em 1492 o domínio cristão se estendeu por toda a Península Ibérica. Dentro dos limites dos reinos cristãos, havia não só uma quantidade significativa de muçulmanos, mas também uma grande comunidade judaica, muito florescente do ponto de vista econômico e cultural. Na verdade, os regimes islâmicos da época tinham por hábito dar aos judeus condições melhores do que as dos cristãos. 0 sucesso econômico, o espírito empreendedor e o prestígio de muitos expoentes da comunidade judaica (que se tornaram conselheiros tanto nas cortes cristãs quanto nas muçulmanas) acabaram atraindo contra eles o ódio da povo e a inveja da nobreza.

Por volta do final de século XIV, a hostilidade popular contra os judeus (chamados pejorativamente de "marranos", "porcos") se manifestou através de verdadeiros pogrom (massacres indiscriminados). Muitos se salvaram fugindo, outros se convertendo e praticando sua verdadeira religião às escondidas. Os que ousavam fazê-lo viviam em um estado de ameaça constante, assim como os cristãos, que rejeitavam publicamente a própria religião, mas continuavam a celebrar seus ritos em segredo: eram acusados de crime de apostasia e muitas vezes eram punidos com a morte.

Em 1391, em Sevilha, quatro mil judeus foram mortos em uma única noite. Em 1412, houve vários casos de expulsão, alguns executados por "convertidos" condenados pelo pontífice Nicolau V. Em 1477, dois judeus convertidos foram queimados na fogueira em Llerena. Uma investigação conduzida à época por um dominicano apurou que quase todos os judeus continuavam praticando sua religião escondidos. Essa descoberta foi o pretexto para novas perseguições anti-semitas e para a volta da Inquisição a Castela.

Em 1481, foi celebrado o primeiro auto-de-fé, no qual morreram seis conhecidos convertidos. O auto-de-fé era uma condenação à fogueira executada em público e o rito jurídico mais impressionante e solene usado pela Inquisição espanhola. O condenado era arrastado por entre a multidão com os cabelos raspados e vestido com sacos, era feita uma oração por ele e a sentença era cumprida. As imagens nas vestes espelhavam a pena: uma cruz de Santo André, se o réu houvesse se arrependido a tempo de evitar o suplício; meia cruz, se também tivesse recebido uma multa; chamas se, arrependido in extremis, devesse ser estrangulado e depois queimado; e diabos e dragões entre chamas se não tivesse renegado a própria posição. Quem confessava recebia penas inferiores, como peregrinações, penas pecuniárias, açoite em público ou a obrigação de costurar cruzes em suas roupas. Os falsos acusadores eram obrigados a costurar nas roupas duas línguas em tecido vermelho.

Em 1482, Xisto IV posicionou-se contra alguns excessos da Inquisição espanhola, mas seus protestos permaneceram como palavras ao vento. Os dominicanos haviam se tornado conselheiros da corte, conquistando um papel muito parecido com o desempenhado pelos judeus em seu tempo. Em 1485, alguns judeus convertidos assassinaram o inquisidor Pedro Arbués, o que causou um recrudescimento da repressão. Em Saragoza, no período entre 1486 e 1490, 307 pessoas morreram ma fogueira. Em Maiorca, nos anos entre 1488 e 1499, foram executadas 129 sentenças de morte. Em Barcelona, em 1491, foram cominadas 129 sentenças, das quais 126 em contumácia.

Em 31 de dezembro de 1492, um edito real submeteu os judeus a uma escolha drástica: o exílio ou a conversão. O provimento atingiu também um dos patrocinadores da expedição de Cristóvão Colombo.

Tratamento similar foi reservado aos mouriscos, os muçulmanos convertidos. Em 1492, um tratado firmado entre o reino cristão e o último soberano muçulmano de Gramada previa, em troca de sua retirada, a garantia de liberdade de culto para os islâmicos. Dez amos depois, no entanto, a rainha Isabel de Castela submeteu os muçulmanos ao mesmo dilema dos judeus: ou se converte ou vai embora. Naturalmente, muitos árabes resolveram se converter e sempre foram suspeitos de falsa conversão.

Em Granada, entre 1550 e 1580, 780 mouriscos foram condenados a várias penas. Em Hornachos (povoado de sete mil habitantes), no biênio 1590 -1592, foram julgados 133 processos. Em geral, os muçulmanos convertidos foram condenados a penas relativamente mais leves do que os judeus. Eram na maioria confiscos, multas ou decretos de expulsão. No geral, foi uma guerra étnica ferrenha que expropriou bens de árabes e judeus abastados.