Francisco Ricci - Auto de Fé (1683)
O processo por bruxaria acontecia paralelamente ao de heresia e podia ser instruído com base em uma mera suspeita (ou simplesmente "aparecer no sonho" de outra pessoa). As delações anônimas também valiam. Nas igrejas, chegou a ser colocada uma urna para as denúncias, parecida com a das ofertas.
Assim que a audiência começava, a suposta bruxa era convidada a confessar e abjurar o demônio; se não o fizesse, era torturada. Entre as provas da possessão diabólica estava a presença de sinais específicos no corpo da bruxa. Podia ser uma mancha na pele, uma verruga, um calo ou qualquer "imperfeição". Aquela era a marca deixada pelo Diabo. Outro elemento de avaliação era o ordálio. No caso de suspeita, ver a ré chorando ou lacrimejando já bastava para os juízes (acreditava-se que as bruxas não podiam chorar, mas que o Diabo podia simular as lágrimas). Nos casos mais graves, recorria-se a prova da água: a acusada (muitas vezes amarrada a uma grande pedra) era jogada na água. Se afundasse, era inocente. Se, ao contrário, boiasse, queria dizer que era culpada, sendo protegida por um sortilégio do demônio. Os interrogatórios eram realizados em meio a perguntas e armadilhas criadas especialmente para confundir o imputado. Por exemplo, diante da pergunta "Você acredita em bruxas?", responder "não" significava pegar a própria existência do Diabo e, assim, assumir o crime de heresia. Responder "sim" ocasionava outras perguntas dos juízes, como: "Quantas bruxas você conhece?" e assim por diante.
As bruxas, por sua vez, espontaneamente ou sob tortura, muitas vezes acusavam outras pessoas que supostamente teriam participado com elas dos sabás e que acabaram processadas. Às vezes, as acusadas, por vingança, davam os nomes dos próprios acusadores, criando, assim, uma lúgubre reação em cadeia que podia durar anos e envolver centenas de pessoas.
Mas o processo por bruxaria tinha uma diferença muito importante em relação aquele por heresia. O herege que confessasse e abjurasse imediatamente diante dos juízes podia ser absolvido logo ou, no máximo, receber uma leve punição (constando dos autos que, se fosse novamente processado, a morte seria certa). A bruxa que confessasse "espontaneamente" seria absolvida da acusação de heresia, mas os juízes mandariam seu caso ao tribunal "leigo" para que sofresse os efeitos "civis" de suas ações.
As penas por bruxaria variavam de castigos corporais e períodos de exílio a, nos casos mais graves, prisão perpétua ou a fogueira. Às vezes, como gesto de clemência, a bruxa era estrangulada antes de ser queimada. Às vezes, eram queimados junto com a bruxa os autos do processo, como ato de purificação. Por isso, também, não há como documentar o numero exato de bruxas executadas, apenas aproximadamente.
As estimativas mais prudentes dão, para o período entre o final do século XIV e o final do século XVII, um balanço que oscila entre 70 e 320 mil vítimas. Mas há quem fale de milhões de mortos. A estes, acrescentem-se as pessoas mortas, talvez anos depois, em conseqüência das torturas sofridas; as mortas de fome por causa do exílio ou por terem sido isoladas da sociedade após serem "marcadas" como bruxas; e os familiares dos "hereges bruxos” , condenados à miséria em conseqüência do confisco dos bens. E sabe-se lá em quantos povoados pequenos e isolados, após uma colheita ruim ou a morte de amimais, os próprios habitantes processaram e mataram "com as próprias mãos" uma suposta bruxa, sem que tenhamos qualquer testemunho por escrito.