Pintura de Cristiano Banti
Em 1542, o papa Paulo III (1534-1549), com a demonstração de eficácia da Inquisição espanhola, decidiu imitá-la para impedir a difusão das doutrinas protestantes.
Foram instituídos tribunais territoriais com jurisdição exclusiva para todos os casos de heresia. Acima deles, foi fundado um organismo central com sede em Roma composto de sete cardeais e sob o controle direto do pontífice, que participava de todas as sessões. O organismo podia investigar também outros prelados e tinha jurisdição em todo o território cristão, mas na verdade tratou principalmente das questões italianas.
papa Julio III (1550-1555) mandou queimar as cópias do Talmude (um dos textos sagrados do judaísmo. Ao contrário da Toth, o Talmude só é reconhecido pelos judeus e consiste em uma coletânea de discussões ocorridas entre sábios e mestres - rabinos - sobre os significados e as aplicações dos passos da Torá) em mãos dos judeus de Roma e incluiu a blasfêmia entre os crimes investigados pela Inquisição. Os plebeus blasfemos eram punidos com a perfuração da língua, o açoite e os remos por três anos. Os blasfemos nobres, ao contrário, recebiam uma multa, perdiam o título, dignidade e benefícios; eram proibidos de fazer testamento e receber herança; eram considerados incapazes de testemunhar; e exilados de Roma por três anos.
Paulo IV (1555-1559) tornou a propor o crime dc "heresia simoníaca"; que consistia também em ordenar menores de idade em troca de dinheiro, e utilizou a Inquisição para mandar prender cardeais adversários seus. Pio IV (1559-1565) mandou absolver os cardeais presos por seu antecessor por decreto inquisitorial e ordenou a prisão de cardeais da facção contrária, junto com seus colaboradores e familiares. Em seguida, os novos prelados presos foram condenados à morte, naturalmente, após um processo.
Paulo IV, Pio IV e seu sucessor, Pio V (1565-1572), formaram o que os historiadores chamam de "trindade do terror, não porque eram especialmente ‘maus’, mas porque utilizaram com muito zelo todos os expedientes necessários para lutar sua batalha sem que nenhum golpe fosse excluído. De Pio V, será dito que o zelo o fez ser proclamado santo [...] A santidade faz fronteira com os métodos policiais, que se torna um mérito" (Mereu, 2000, p. 84).
Gregório XIII (1572-1585), ao contrário, conquistou junto aos biógrafos a fama de pontífice "moderado"; por ter permitido que os condenados à fogueira usassem uma roupa comum, no lugar daquela com as chamas que eram obrigados a usar.
Xisto V (1585-1590) dividiu a administração pontifícia em 15 congregações, cuja principal era a da Santa Inquisição da Herética Pravidade, diretamente presidida por ele.